Le prieuré de Meillerie, fondé vers 1130, est mentionné pour la première fois en 1154. Il a été fondé par des chanoines réguliers de saint Augustin, qui sont rattachés rapidement au cours du XIIème siècle à la congrégation du Grand Saint-Bernard. Dans les années 1220, le prieuré est entièrement reconstruit fortifié. Il devient le centre d’une vaste seigneurie religieuse et temporelle, ainsi que la résidence principale des prévôts, chefs de la congrégation. Le prieuré est supprimé en 1752.

Bien qu’une partie des bâtiments médiévaux aient été détruits au XIXème siècle, on peut admirer l’église gothique du prieuré, ainsi que la tour de défense (transformée en clocher) et une partie du logis qui conserve de belles portes gothiques.

Au cœur du prieuré, une ancienne salle restaurée nommée « Salle du Logis du Prieuré » abrite des archives sur ce monument historique et sur l’histoire du village de Meillerie – ses pêcheurs – ses carrières – ses barques, ainsi que sur les célèbres écrivains qui ont décrit les particularités de ce village, dont Jean-Jacques Rousseau dans La Nouvelle Éloïse.